(2012/11/23追記)下のものでも別に良いのですが、kill-whole-lineというまんまな関数があったので
(define-key minibuffer-local-map (kbd "C-k") 'kill-whole-line)
で済みます。
(追記終わり)
anythingでの挙動が気に入ったのでこっちにも。
(add-hook 'minibuffer-setup-hook #'(lambda() (local-set-key (kbd "C-k") #'(lambda() (interactive) (move-beginning-of-line nil) (kill-line)))))
特定の場合にだけアドバイスを有効にできるのなら、そうしたほうがスマートかも知れません。
delete-minibuffer-contentsという如何にもな関数がありましたが、コマンドではありませんでした。